Το μαρτύριο του Προδρόμου του κυρίου το έτος 32 μετά τη γέννηση του Χριστού περιγράφεται στα Ευαγγέλια σύμφωνα με τον Ματθαίο (Mt.14: 1-12) και Μάρκος (ΜΚ.6:14-29). Ωστόσο, η ιερή παράδοση της Αποστολικής Εκκλησίας έχει διατηρήσει κάποιες λεπτομέρειες αυτών των γεγονότων που έλαβαν χώρα λίγο πριν από τη σταύρωση και την Ανάσταση του Χριστού.
Μετά το θάνατο του Ηρώδη του Μεγάλου, οι Ρωμαίοι χώρισαν το έδαφος της Παλαιστίνης σε τέσσερα μέρη και εγκατέστησαν το δικό τους προστατευόμενο σε κάθε μέρος. Ο Ηρώδης Αντίπας έλαβε τον έλεγχο της Γαλιλαίας από τον αυτοκράτορα Αύγουστο. Είχε μια νόμιμη σύζυγο, την κόρη του Αραβικού βασιλιά Αρέφ. Ο Ηρώδης την άφησε και έζησε με την Ηρωδιάδα, τη σύζυγο του αδελφού του. Ο προφήτης Ιωάννης τον επέπληξε επανειλημμένα, αλλά ο τσάρος δεν τολμούσε να τον βλάψει, καθώς σεβόταν τον Ιωάννη τον Βαπτιστή ως προφήτη και φοβόταν τη λαϊκή οργή. Παρ ' όλα αυτά, ο Άγιος Ιωάννης ο Βαπτιστής φυλακίστηκε από τον βασιλιά Ηρώδη (Λκ.3:19-20).
Στα γενέθλιά του, ο Ηρώδης πραγματοποίησε μια πλούσια γιορτή, στην οποία η Σαλώμη, η κόρη της Ηρωδιάδας, χόρευε μπροστά στους καλεσμένους. Ευχαρίστησε τον Ηρώδη τόσο πολύ που ορκίστηκε μπροστά στους καλεσμένους να της δώσει ό, τι ζήτησε. Η Σαλώμη πήγε στη μητέρα της για συμβουλές. Η Ηρωδιάδα δίδαξε την κόρη της να ζητήσει το κεφάλι του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή. Ο Ηρώδης λυπήθηκε: φοβόταν την οργή του Θεού για τη δολοφονία του προφήτη, αλλά δεν μπορούσε να σπάσει τον απρόσεκτο όρκο του.
Το κεφάλι του Ιωάννη του Βαπτιστή κόπηκε και δόθηκε στη Σαλώμη. Σύμφωνα με το μύθο, το κεφάλι συνέχισε να καταγγέλλει τον Ηρώδη και την Ηρωδιάδα. Η ξέφρενη Ηρωδιάδα τρύπησε τη γλώσσα του Προφήτη με μια καρφίτσα και έθαψε το κεφάλι του σε ένα ακάθαρτο μέρος. Αλλά η Ιωάννα, η σύζυγος του Βασιλικού Οικονόμου Τσούζα, πήρε κρυφά το Άγιο κεφάλι, το έβαλε σε ένα δοχείο και το έθαψε στο Όρος των Ελαιών, σε ένα από τα κτήματα του Ηρώδη. Το σώμα του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή ελήφθη από τους μαθητές του και θάφτηκε.
Η οργή του Θεού έπεσε σε εκείνους που αποφάσισαν να καταστρέψουν τον προφήτη. Η Σαλώμη διέσχιζε τον ποταμό Σικόρις το χειμώνα και έπεσε μέσα στον πάγο. Κρεμόταν με το σώμα της στο νερό και το κεφάλι της ήταν πάνω από τον πάγο. Όπως είχε χορέψει κάποτε με τα πόδια της στο έδαφος, τώρα χόρευε, κάνοντας αβοήθητες κινήσεις στο παγωμένο νερό. Κρέμασε εκεί μέχρι που ο αιχμηρός πάγος έκοψε το λαιμό της. Το κεφάλι της, κομμένο από ένα κοφτερό κομμάτι πάγου, μεταφέρθηκε στον Ηρώδη και την Ηρωδιάδα, όπως είχε κάποτε μεταφερθεί σε αυτούς το κεφάλι του Ιωάννη του Βαπτιστή, αλλά το σώμα της δεν βρέθηκε ποτέ. Ο Άραβας βασιλιάς Αρέφ, σε εκδίκηση για την ατιμία της κόρης του, της συζύγου του Ηρώδη του τετράρχη, μετακίνησε τα στρατεύματά του εναντίον του πονηρού βασιλιά και τον νίκησε. Ο Ρωμαίος Αυτοκράτορας Γάιος Ιούλιος Καίσαρας Καλιγούλας (37-41), θυμωμένος, εξόρισε τον Ηρώδη και την Ηρωδιάδα στη Γαλατία και στη συνέχεια στην Ισπανία. Εκεί τους κατάπιε η χασμουρητή γη.
Πολλά χρόνια μετά την εκτέλεση του Ιωάννη του Βαπτιστή, όταν η γη στην οποία στηριζόταν το σκάφος με το ιερό κεφάλι του Προδρόμου έγινε ιδιοκτησία του ευσεβούς ευγενή αθώου, αυτό το σκάφος αποκτήθηκε κατά την κατασκευή της εκκλησίας, Αθώος έμαθε για το μεγαλείο του ιερού από τα θαύματα και τα σημάδια που είχαν συμβεί. Αλλά πριν από το θάνατό του, φοβούμενος ότι το ιερό θα βεβηλωθεί από τους εθνικούς, το έκρυψε ξανά στον ίδιο τόπο.
Έχουν περάσει πολλά χρόνια και η εκκλησία που χτίστηκε από τον Innocent έχει καταρρεύσει. Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου του Μεγάλου, ο Άγιος Ιωάννης ο Βαπτιστής εμφανίστηκε δύο φορές σε δύο μοναχούς που ήρθαν να προσκυνήσουν στην Ιερουσαλήμ και έδειξαν τη θέση του σεβάσμιου κεφαλιού του. Έχοντας ανακαλύψει το ιερό, οι μοναχοί το έβαλαν σε μια τσάντα μαλλιών καμήλας και ξεκίνησαν για το σπίτι, αλλά με τον τρόπο που συνάντησαν έναν άγνωστο αγγειοπλάστη, στον οποίο ανατέθηκε να φέρει ένα πολύτιμο βάρος. Τότε ο ίδιος ο πρόδρομος εμφανίστηκε στον αγγειοπλάστη και τον διέταξε να ξεφύγει από τους αμελείς μοναχούς μαζί με το βάρος. Στην οικογένεια του αγγειοπλάστη, το έντιμο κεφάλαιο κρατήθηκε και μεταβιβάστηκε από γενιά σε γενιά σε σφραγισμένο δοχείο, μέχρι να αναληφθεί από τον ιερέα Ευστάθιο, μολυσμένο με την αίρεση του Αριανισμού. Χρησιμοποιώντας τη θαυματουργή δύναμη που προέρχεται από το κεφάλι, αποπλάνησε πολλούς ανθρώπους στην αίρεση. Όταν ανακαλύφθηκε η βλασφημία του, έφυγε, θάβοντας το ιερό σε μια σπηλιά κοντά στην Εμέσα, ελπίζοντας να το πάρει πίσω αργότερα. Αλλά ο Θεός δεν το επέτρεψε. Στο σπήλαιο εγκαταστάθηκαν ευσεβείς μοναχοί και ιδρύθηκε ένα μοναστήρι.
Το 452, ο Άγιος Ιωάννης έδειξε στον Αρχιμανδρίτη της Μονής Μάρκελ τον τόπο απόκρυψης του κεφαλιού του σε ένα όραμα και ανακαλύφθηκε ξανά. Το ιερό μεταφέρθηκε στην Έμεσσα και στη συνέχεια στην Κωνσταντινούπολη. Η γιορτή του πρώτου και του δεύτερου Θαυματουργού ευρήματος του κεφαλιού του Ιωάννη του Βαπτιστή γιορτάζεται από την εκκλησία στις 8 Μαρτίου (24 Φεβρουαρίου του παλαιού ημερολογίου).
Κατά τη διάρκεια της εικονομαχίας, το κεφάλι του Ιωάννη του Βαπτιστή μεταφέρθηκε κρυφά από την Κωνσταντινούπολη και κρύφτηκε στο Κομάνι (κοντά στο Σουχούμι), όπου ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος πέθανε το 407, επιστρέφοντας από την εξορία. Μόνο μετά την έβδομη Οικουμενική Σύνοδο, η οποία αποκατέστησε την Ορθόδοξη λατρεία των εικόνων το 787, σύμφωνα με το μύθο, ο Πατριάρχης Ιγνάτιος έλαβε οδηγίες σχετικά με τη θέση του ιερού κατά τη διάρκεια της νυχτερινής προσευχής. Με εντολή του αυτοκράτορα Μιχαήλ Γ', στάλθηκε πρεσβεία στην Κομανία, η οποία γύρω στο 850 βρήκε το κεφάλι του Ιωάννη του Βαπτιστή στη θέση που υποδείχθηκε από τον Πατριάρχη. Μετά από αυτό, το κεφάλι μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη και τοποθετήθηκε στην εκκλησία του δικαστηρίου * μέρος του φυλάσσεται στο Άγιο Όρος. Η γιορτή της τρίτης εύρεσης του κεφαλιού του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή είναι στις 7 Ιουνίου (25 Μαΐου του παλαιού ημερολογίου).
Στη μνήμη του Αποκεφαλισμού του κεφαλιού του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, η Εκκλησία έχει καθιερώσει διακοπές και αυστηρή νηστεία ως έκφραση χριστιανικής θλίψης για τον βίαιο θάνατο του Μεγάλου Προφήτη.