Ο καθεδρικός ναός της Αγίας Σοφίας δεν πήρε το όνομά του από την Αγία Σοφία, όπως θα μπορούσε κανείς να σκεφτεί, αλλά προς τιμήν του Ιησού Χριστού. Στα ελληνικά, ΣοφίΑ σημαίνει "σοφία". Ο Απόστολος Παύλος στην επιστολή του μιλά άμεσα για τον Ιησού Χριστό ως δύναμη του Θεού και Σοφία του Θεού (1 Κορ 1:24).
Η ιστορία του Καθεδρικού Ναού της Αγίας Σοφίας χρονολογείται από μιάμιση χιλιετία. Το 532, κατά τη διάρκεια της εξέγερσης, ο κύριος ναός της Κωνσταντινούπολης κάηκε. 40 ημέρες μετά την καταστολή της εξέγερσης, ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός ξεκίνησε την κατασκευή του Καθεδρικού Ναού της Αγίας Σοφίας, ο οποίος έπρεπε να δείξει τη δύναμη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και να ενισχύσει τη θέση του στο θρόνο. Τα έργα χρησιμοποίησαν επίσης έτοιμα αρχιτεκτονικά στοιχεία αντίκες: αρκετές στήλες παραδόθηκαν από τη Ρώμη και την Έφεσο (αυτή η πόλη βρίσκεται τώρα στο έδαφος της Τουρκίας).
Μετά από 5 χρόνια και 10 μήνες, ο καθεδρικός ναός αφιερώθηκε επίσημα από τον Πατριάρχη Μίνα της Κωνσταντινούπολης.
Σε αυτόν τον καθεδρικό ναό το 1054 ξεκίνησε η ιστορία των Καθολικών και ορθόδοξων εκκλησιών. Ο Καρδινάλιος Χάμπερτ παρουσίασε την επιστολή αφορισμού στον Πατριάρχη Κερουλάριο της Κωνσταντινούπολης. Αυτό ήταν το αποτέλεσμα των συνεχιζόμενων διαφωνιών μεταξύ του δυτικού και του ανατολικού τμήματος της Χριστιανικής Εκκλησίας.
Μέχρι τον 15ο αιώνα, ο καθεδρικός ναός της Αγίας Σοφίας παρέμεινε ο κύριος ναός όχι μόνο της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, αλλά και ολόκληρου του Χριστιανικού κόσμου.
Το 1453, οι Τούρκοι κατέλαβαν την Κωνσταντινούπολη, ο καθεδρικός ναός έπαψε να είναι ο κύριος ναός της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και ο τόπος της στέψης των ηγεμόνων της. Ο ναός έγινε το Τζαμί της Αγίας Σοφίας. Το εξωτερικό του καθεδρικού ναού έχει υποστεί αλλαγές: έχουν προστεθεί τέσσερις μιναρέδες. Πιστεύεται ότι τα βυζαντινά ψηφιδωτά στο εσωτερικό έχουν διατηρηθεί επειδή ήταν καλυμμένα με γύψο όταν εγκαταστάθηκαν στο κτίριο του τζαμιού
Η Αγία Σοφία έγινε μουσείο το 1934 κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Κεμάλ Ατατούρκ (μετά την πτώση της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και την ίδρυση της Τουρκικής Δημοκρατίας, πραγματοποίησε μεταρρυθμίσεις μεγάλης κλίμακας, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που αποσκοπούσαν στο να κάνουν την κοινωνία πιο κοσμική. Ο καθεδρικός ναός έγινε μουσείο όπου μπορούσε κανείς να δει τόσο Χριστιανικά όσο και μουσουλμανικά στοιχεία του εσωτερικού.
Μετά από σχεδόν 90 χρόνια, η Αγία Σοφία θα πάψει να είναι ουδέτερο κτίριο και θα ανοίξει ξανά ως τζαμί: το Δικαστήριο ανέτρεψε την απόφαση της κυβέρνησης Ατατούρκ και ο Τούρκος Πρόεδρος Ρετζέπ Ερντογάν υπέγραψε αντίστοιχο διάταγμα. Το Κοράνι άρχισε να διαβάζεται εκεί το 2016. Παράλληλα, ο Ερντογάν δήλωσε ότι η Αγία Σοφία πρέπει να παραμείνει ανοιχτή στους τουρίστες.
Η UNESCO (η Αγία Σοφία περιλαμβάνεται στον Κατάλογο Παγκόσμιας Κληρονομιάς του οργανισμού ως μουσείο) τόνισε: "το κράτος πρέπει να διασφαλίσει ότι καμία αλλαγή δεν επηρεάζει την εξαιρετική καθολική αξία του αντικειμένου". Η αλλαγή της κατάστασης του κτιρίου αντιτάχθηκε στη Γαλλία, τις ΗΠΑ και την Ελλάδα.
Μυστικές ιστορίες που λέγονται στους τουρίστες όταν επισκέπτονται τον Καθεδρικό Ναό της Αγίας Σοφίας
Η "στήλη κλάματος", η βάση της οποίας καλύπτεται με χάλκινες πλάκες. Ονομάζεται επίσης στήλη του Αγίου Γρηγορίου. Υπάρχει μια μικρή εσοχή στη στήλη, η οποία συνδέεται με μια δεισιδαιμονία. Είναι απαραίτητο να τοποθετήσετε τον αντίχειρά σας στην εσοχή και να μετακινηθείτε στην παλάμη σας τρεις φορές σε έναν κύκλο, αγγίζοντας τα φύλλα χαλκού μαζί του. Εάν ταυτόχρονα αισθάνεστε υγρασία, τότε κάντε μια ευχή – υποτίθεται ότι θα γίνει πραγματικότητα. Αυτή η πεποίθηση υπάρχει από τον 13ο αιώνα: ακόμη και ο Αντώνιος του Νόβγκοροντ, κατά τη διάρκεια του προσκυνήματος του στην Κωνσταντινούπολη, έγραψε ότι οι άνθρωποι έρχονται στη στήλη που κλαίει και "τρίβουν τα δάχτυλά τους ... για να θεραπεύσουν ασθένειες ...".
Μια θέση από την οποία ακούγεται ένας μικρός θόρυβος. Σύμφωνα με τις περιγραφές, βρίσκεται στο νότιο τμήμα του καθεδρικού ναού. Αυτό το φαινόμενο συνδέθηκε με έναν άλλο μύθο. Σύμφωνα με αυτήν, τη στιγμή που η Κωνσταντινούπολη έπεσε κάτω από την επίθεση των τουρκικών στρατευμάτων και εισέβαλαν στον καθεδρικό ναό, υπήρχε μια υπηρεσία σε αυτό. Οι εισβολείς επρόκειτο να σκοτώσουν τον ιερέα διαβάζοντας την προσευχή, αλλά εκείνη τη στιγμή τα τείχη χωρίστηκαν και έκρυψαν τον ιερέα πίσω τους. Σύμφωνα με το μύθο, ο ιερέας είναι ακόμα εκεί και θα εμφανιστεί ξανά όταν ο καθεδρικός ναός γίνει ξανά Χριστιανική Εκκλησία.
Το κρύο παράθυρο είναι ένα άλλο μυστήριο του Καθεδρικού Ναού της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη. Ένα δροσερό αεράκι φυσάει από αυτό το παράθυρο, ακόμα και όταν είναι πολύ ζεστό έξω. Αυτό το παράθυρο βρίσκεται στον δεύτερο όροφο (το νότιο τμήμα του καθεδρικού ναού) και έχει θέα στο Μπλε Τζαμί.