Η ηγεσία της Αρμενικής Αποστολικής Εκκλησίας κατηγόρησε τις αρχές της Αρμενίας για άσκηση πολιτικής πίεσης και για προσπάθεια να ματαιωθεί η Σύνοδος των Επισκόπων, η οποία έχει προγραμματιστεί για τον Φεβρουάριο στην Αυστρία. Η σχετική ανακοίνωση δημοσιεύτηκε στην επίσημη ιστοσελίδα της Πρωτόθρονης Αγίας Έδρας του Ετσμιατζίν, του πνευματικού κέντρου της Εκκλησίας.

Σύμφωνα με την ανακοίνωση, στις 31 Ιανουαρίου μέλη του Ανώτατου Πνευματικού Συμβουλίου έλαβαν κλητεύσεις από την Ανακριτική Επιτροπή της Αρμενίας με την ιδιότητα του κατηγορουμένου. Η έρευνα αφορά υπόθεση «μη εκτέλεσης δικαστικής απόφασης». Παράλληλα, σε έξι επισκόπους και αρχιεπισκόπους επιβλήθηκε απαγόρευση εξόδου από τη χώρα. Η Εκκλησία χαρακτήρισε τα μέτρα αυτά ως κρατική παρέμβαση στις εσωτερικές της υποθέσεις και ως παραβίαση της συνταγματικά κατοχυρωμένης αυτονομίας της.

Αφορμή για τη σύγκρουση αποτέλεσε η διαμάχη γύρω από τον πρώην επικεφαλής της επισκοπής Μασιατσότν, επίσκοπο Γκεβόργκ Σαρογιάν. Τον Ιανουάριο απαλλάχθηκε από τα καθήκοντά του με απόφαση του Καθολικού όλων των Αρμενίων, Γκαρεγκίν Β΄, και στη συνέχεια καθαιρέθηκε από το επισκοπικό αξίωμα. Ο Σαρογιάν προσέφυγε στη Δικαιοσύνη, η οποία εξέδωσε προσωρινή απόφαση που απαγόρευε στην Εκκλησία να παρεμποδίζει τη δραστηριότητά του. Μετά την καθαίρεσή του, η Ανακριτική Επιτροπή θεώρησε ότι η εκκλησιαστική ηγεσία αγνόησε τη δικαστική απόφαση και προχώρησε στην άσκηση ποινικής δίωξης.

Η Αρμενική Αποστολική Εκκλησία υποστηρίζει ότι οι απαγορεύσεις εξόδου και οι ποινικές διαδικασίες καθιστούν πρακτικά αδύνατη τη συμμετοχή ορισμένων ιεραρχών στη Σύνοδο των Επισκόπων, η οποία αναμένεται να πραγματοποιηθεί από τις 16 έως τις 19 Φεβρουαρίου στην αυστριακή πόλη Ζανκτ Πέλτεν. Πρόκειται για την πρώτη σύνοδο αυτού του επιπέδου εδώ και δεκαετίες που θα διεξαχθεί εκτός Αρμενίας. Όπως επισημαίνει η Εκκλησία, η επιλογή του εξωτερικού έγινε λόγω φόβων για πιέσεις προς τον κλήρο εντός της χώρας.

Η υπόθεση προκάλεσε και διεθνείς αντιδράσεις. Η οργάνωση ανθρωπίνων δικαιωμάτων Forum for Religious Freedom Europe, με έδρα τη Βιέννη, καταδίκασε τις ενέργειες των αρμενικών αρχών, κάνοντας λόγο για κίνδυνο παραβίασης της θρησκευτικής ελευθερίας. Η οργάνωση σημείωσε ότι οι περιορισμοί σε βάρος κληρικών, καθώς και τα βήματα για την απομάκρυνση στρατιωτικών ιερέων από τον στρατό, μοιάζουν να εντάσσονται σε μια ευρύτερη εκστρατεία κατά της Αρμενικής Αποστολικής Εκκλησίας.

Η αντιπαράθεση μεταξύ Εκκλησίας και κράτους στην Αρμενία κλιμακώθηκε το 2025. Ο πρωθυπουργός Νικόλ Πασινιάν έχει ασκήσει δημόσια κριτική στην εκκλησιαστική ηγεσία και έχει ταχθεί υπέρ της «μεταρρύθμισης» της Εκκλησίας με τη συμμετοχή του κράτους, συμπεριλαμβανομένων αλλαγών στη διαδικασία εκλογής του Καθολικού. Οι προτάσεις αυτές προκάλεσαν έντονες αντιδράσεις στο Ετσμιατζίν, όπου θεωρούνται απόπειρα υπαγωγής της Εκκλησίας σε κρατικό έλεγχο.