Ο Άγιος Νικηφόρος ο Ομολογητής γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη το δεύτερο μισό του 8ου αιώνα. Η βαθιά πίστη και η ετοιμότητα για το κατόρθωμα της εξομολόγησης ενσταλάχθηκαν σε αυτόν από τους γονείς του, τον Θεόδωρο και την Ευδοκία. Έδωσαν στον γιο τους μια πραγματική χριστιανική ανατροφή, υποστηριζόμενη από το παράδειγμα της δικής τους ζωής. Ο πατέρας του υπέφερε ως εξομολογητής της Ορθοδοξίας από τον εικονοκλάστη αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Κοπρόνιμο (740-775). Η μητέρα, που μοιράστηκε όλες τις δοκιμασίες του συζύγου της, τον ακολούθησε στην εξορία και μετά το θάνατό του επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη και τελείωσε τη ζωή της ως μοναχός. Ο Άγιος Νικηφόρος έλαβε καλή κοσμική εκπαίδευση, αλλά κυρίως μελέτησε τις Αγίες Γραφές και διάβασε πνευματικά βιβλία.
Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Λέοντα Δ (775-780), ο Άγιος Νικηφόρος έλαβε τον τίτλο του Βασιλικού συμβούλου. Ενώ βρισκόταν στο βασιλικό δικαστήριο, συνέχισε να οδηγεί μια αυστηρή, ενάρετη ζωή, διατήρησε σταθερά την αγνότητα της ορθόδοξης πίστης και υπερασπίστηκε με ζήλο τον σεβασμό των ιερών εικόνων. Μετά το θάνατο του Λέοντα Δ, κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Κωνσταντίνου στ (780-797) και της μητέρας του Αγίας Ειρήνης, η έβδομη Οικουμενική Σύνοδος συγκλήθηκε στη Νίκαια το 787, καταδικάζοντας την εικονοκλαστική αίρεση. Γνωρίζοντας βαθιά τις Αγίες Γραφές, ο Άγιος Νικηφόρος, εκ μέρους του αυτοκράτορα, μίλησε στο Συμβούλιο για την υπεράσπιση της Ορθοδοξίας, η οποία βοήθησε πολύ τους Αγίους Πατέρες του Συμβουλίου.
Μετά το Συμβούλιο, Ο Άγιος Νικηφόρος παρέμεινε στην αυλή για αρκετά χρόνια, αλλά η πολυάσχολη ζωή του Αγίου έγινε όλο και πιο επαχθής. Έφυγε από την υπηρεσία και εγκαταστάθηκε σε απομόνωση, κοντά στο Βόσπορο, ξοδεύοντας τη ζωή του σε επιστημονικό έργο, σιωπή, νηστεία και προσευχή. Ο Άγιος Νικηφόρος έχτισε μια εκκλησία, ίδρυσε ένα μοναστήρι και οδήγησε μια αυστηρή μοναστική ζωή ακόμη και πριν πάρει μοναστικούς όρκους.
Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του αυτοκράτορα Νικηφόρου α (802-811), μετά το θάνατο του Αγίου Πατριάρχη Ταρασίου (784-806), ο Άγιος Νικηφόρος εκλέχθηκε στη θέση του, πήρε μοναστικούς όρκους και ιερατικές εντολές και ανυψώθηκε στον πατριαρχικό θρόνο στις 12 Απριλίου 806, ημέρα του Αγίου Πάσχα.
Υπό τον αυτοκράτορα Λέοντα Ε της Αρμενίας (813-820), ένθερμο οπαδό της εικονομαχικής αίρεσης, άρχισε ξανά η περίοδος των ταραχών και των διωγμών για την Εκκλησία. Ο αυτοκράτορας δεν μπορούσε να ξεκινήσει αμέσως μια ανοιχτή δίωξη της Ορθοδοξίας, αφού η εικονομαχία καταδικάστηκε από την έβδομη Οικουμενική Σύνοδο. Ο Άγιος Πατριάρχης συνέχισε να υπηρετεί στη Μεγάλη Εκκλησία, πείθοντας με τόλμη τον λαό να διατηρήσει την ορθόδοξη πίστη και διεξήγαγε έναν συνεπή και αδυσώπητο αγώνα ενάντια στην αίρεση. Ο αυτοκράτορας άρχισε να ανακαλεί από την εξορία επισκόπους και κληρικούς που είχαν εξορκιστεί από την έβδομη Οικουμενική Σύνοδο. Έχοντας συνθέσει ένα αιρετικό Συμβούλιο από αυτούς, ο αυτοκράτορας ζήτησε από τον Πατριάρχη να εμφανιστεί για μια συζήτηση για την πίστη. Ο Πατριάρχης αρνήθηκε να συζητήσει την πίστη με αιρετικούς, αφού οι διδασκαλίες των εικονομάχων είχαν ήδη αναθεματιστεί από την έβδομη Οικουμενική Σύνοδο. Προσπάθησε με κάθε δυνατό τρόπο να συζητήσει με τον αυτοκράτορα και το περιβάλλον του, εξήγησε άφοβα στον λαό το δόγμα της λατρείας των ιερών εικόνων, έγραψε προτροπές στην αυτοκράτειρα και τον δήμαρχο Ευτύχιο, τον αξιωματούχο που ήταν πιο κοντά στον αυτοκράτορα, προσθέτοντας στο τέλος μια προφητική λέξη για τον επικείμενο θάνατο των αιρετικών από το "τιμωρητικό χέρι του Κυρίου". Στη συνέχεια, η αιρετική σύνοδος απέβαλε τον Άγιο Πατριάρχη Νικηφόρο και τους προκατόχους του, τους ευλογημένους Πατριάρχες Ταράσιο και Χέρμαν. Ο Άγιος Νικηφόρος εξορίστηκε πρώτα σε ένα μοναστήρι στη Χρυσόπολη και στη συνέχεια στο νησί της Προκόννης στη θάλασσα του Μαρμαρά. Μετά από 13 χρόνια κακουχιών και θλίψεων, στις 2 Ιουνίου 828, ο Άγιος Πατριάρχης Νικηφόρος πέθανε στην εξορία.
Στις 13 Μαρτίου 847, τα άφθαρτα λείψανα του Αγίου Πατριάρχη Νικηφόρου, που είχαν παραμείνει στο έδαφος για 19 χρόνια, μεταφέρθηκαν πανηγυρικά στον Καθεδρικό Ναό της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη.
Ο Άγιος Νικηφόρος ήταν μια εξαιρετική εκκλησιαστική φιγούρα της εποχής του, "στολίδι της εποχής και του άμβωνα" και, αφού υπηρέτησε πολύ την Εκκλησία, άφησε μια εκτεταμένη πνευματική κληρονομιά – πολυάριθμα έργα ιστορικού, δογματικού και κανονικού περιεχομένου.