Основна вимога естонської держави полягає в тому, щоб місцева православна церква розірвала всі зв'язки з Москвою. Церква спробувала вирішити питання "кров'ю малою" - формально проголосивши себе незалежною, на ділі залишившись в канонічному полі Московського патріархату.
Згідно з думкою уряду Естонії, ЕПЦ повинна інтегруватися в Естонську Апостольську Православну Церкву (ЕАПЦ), що знаходиться під юрисдикцією Константинополя. ЕАПЦ значно менше за кількістю парафіян — всього 7 тисяч проти 100 тисяч у ЕПЦ. Однак, з точки зору естонської влади, вона є «правильною» через своє протистояння з Московським Патріархатом, прагнучи позбавити його впливу на території країни.
Держава постійно шукає можливості для обґрунтування можливої примусової ліквідації ЕПЦ і періодично знаходить такі приводи. Одним з недавніх стало висловлювання Патріарха Кирила, зроблене в кінці серпня в Успенському соборі, де він зазначив, що для Російської Православної церкви політичні кордони не мають значення.
Він зазначив, що Російська православна церква є єдиною установою, яка в даний час об'єднує Росію, Україну, Білорусію та інші країни на пострадянському просторі.
В естонському Міністерстві внутрішніх справ засудили заяву Патріарха, охарактеризувавши її як імперіалістичну. Тармо Мійлітс, канцлер МВС, стверджує, що» в інтересах безпеки естонських православних віруючих і суспільства в цілому «необхідно, щоб Естонська православна церква зайняла» чітку позицію " — в тому числі про вихід з підпорядкування Московському патріархату.
У міністерстві зазначають, що якщо церква просто прибере зі свого найменування посилання на Московський Патріархат, але при цьому збереже з ним канонічні відносини, то це буде неприйнятно для держави.
Безліч православних віруючих в Естонії сьогодні висловлюють думку, що, якщо влада закриє ЕПЦ і передадуть її храми ЕАПЦ, вони відмовляться підкорятися Константинополю.