Народився в підмосковному селі Пехорке і з юних років прагнув до чернецтва. З волі батьків одружився, прийняв сан священства, але через рік овдовів і прийняв постриження в Дубенському Успенському монастирі. За доброчесне життя був обраний ігуменом обителі і так багато потрудився для неї, що згодом вона стала називатися його ім'ям – Серапіоновой пустинею.
Бажаючи віддатися більш суворим подвигам, Святий складає з себе настоятельство і переходить в Троїце-Сергієву Лавру, в якій в 1495 р стає ігуменом. Святий користувався великою повагою великого князя Іоанна Васильовича, і відомо, що за його клопотанням він помилував трьох засуджених на смертну кару бояринь.
Будучи присутнім на Соборі (1504 р.), святитель гаряче відстоював церковні та монастирські Маєтки як засіб благодійності.
У 1506 р хіротонізований в архієпископа Новгородського. Під час Великої пожежі в Новгороді, в 1508 р, святитель своїми слізними молитвами благав Господа про його припинення.
Багато бід переніс святитель Серапіон: в 1509 р він був позбавлений кафедри і засланий в Московський андроніков монастир. У 1511 р св.Серапіон переселяється в Троїце-Сергієву Лавру, де в невпинному подвигу богомислення і молитви проводить останні роки життя, сподобившись від Господа дару прозорливості і чудотворення.
Прийнявши схиму, святитель мирно помер 16 березня 1516 р нетлінні мощі його були знайдені 7 квітня 1517 р і донині спочивають під спудом в Серапіоновой палаті у Троїцького собору в Троїце-Сергієвій лаврі.
Господь прославив свого угодника даром чудотворення як за життя, так і по смерті: одного разу в свято Успіння святитель зцілив кульгавого, який багато років повзав на ногах і руках, спираючись на Деревинки.
У 1608 р, під час облоги Лаври поляками, багато ченці і миряни бачили його в святительському вбранні, який прийшов в храм помолитися про свою обителі.