Преподобний Ісаакій (в миру Іван Іванович Антімонов) народився в Курську 31 Травня 1810 року в патріархальної купецької сім'ї, яка користувалася незмінною повагою городян за бездоганну чесність і строгий християнський уклад життя, милосердя до бідних і благоукрашеніе міського храму.
Майбутній великий Оптинський старець ріс в обстановці любові, слухняності батькам, в твердому дотриманні церковного статуту і моральної строгості. Хлопчик був скромний і добрий, мовчазний і стриманий, але не похмурий, він не був чужий жарту, дотепний і простий у спілкуванні.
Думка про відхід в монастир довгі роки визрівала в душі благочестивого юнака, вимушеного допомагати батькові в торгових справах. До тридцяти шести років вона остаточно зміцніла. Цьому сприяло також вступ до чернецтва його старшого брата Михайла.
І ось в 1847 році, вже зрілою людиною, прийнявши тверде рішення, він залишає рідну домівку і надходить послушником в скит знаменитої вже тоді своїми старцями Введенської Оптиної пустелі, в укладі якої було прийнято духовне окормлення кожного брата у старця. І послушник Іоанн був довірений оптинському старцю преподобному Макарію, ім'я якого було відомо далеко за межами обителі. Під його духовним керівництвом пройшли роки послуху: спочатку на пасіці, потім в хлібопекарні і кухарем в монастирській трапезній, співав на криласі, келійно - з благословення старця Макарія; брат Іоанн був ще й палітурником книг. Неухильно виконував він покладене всякому послушнику келійне правило, причому згодом, після прийняття рясофора в 1851 році і постриження в мантію в 1854 році, все більш і більш ревно ставився до вдосконалення свого внутрішнього духовного світу, не даючи собі поблажок ні в чому: був суворий в спонуканні себе до розумного діяння, відвідування монастирських богослужінь і обмежував себе в їжі і відпочинку.
Уникаючи честолюбних думок і остерігаючись тому всякого піднесення, виключно за послух своєму духовному батькові, старцеві Макарію, він прийняв в 1855 році висвячення в ієродиякона, а потім, в 1858 році, – в ієромонаха. І по прийнятті сану преподобний Ісаакій залишається таким же скромним, щирим і відкритим у відношенні з братами, яким був раніше, але ще суворіше і вимогливіше до себе, у всьому покладаючись на духовні настанови старця.
Можливо, так, у виконанні послухів, чернечих правил, дотриманні церковного статуту, в духовному вдосконаленні і поступовому сходженні «від сили в силу», і пройшла б вся його життя в монастирі. Але Богу було завгодно інше.
У 1860 році, вже важко хворий, преподобний старець Макарій, передчуваючи близький кінець, заповідає своєму духовному синові, преподобному Ісаакію, перейти під керівництво великого Оптинського старця Амвросія, учня блаженного старця Макарія. А ще через два роки, в 1862 році, після смерті настоятеля Оптиної пустелі старця Мойсея, преподобний Ісаакій стає його наступником.
Протягом тридцяти з гаком років веде він монастир, продовжуючи розпочате ще преподобним Мойсеєм будівництво, на ті часи чимале. Його ж стараннями добудовується храм Всіх Святих на новому кладовищі, споруджується новий іконостас в Казанському соборі і перебудовується старий у Введенському, проводиться новий розпис стін, будується Монастирська лікарня з аптекою для безкоштовного користування, з церквою при ній в ім'я святого Іларіона Великого, книжкова лавка, двоповерхова будівля рухлядної, добудовується водопровід, споруджується будівля нового готелю і безліч приміщень реставрується, переробляється, поновлюється і будується знову.
Під його мудрим управлінням Оптина набуває лісові ділянки-так вирішується проблема палива. Їм же здійснюється покупка лугових земель на болховской млині, відкривається свічковий завод, заохочується розведення монастирських садів і городів. Таким чином Оптина пустель у другій половині XIX століття стає одним з процвітаючих монастирів Росії.
Але не тільки господарськими турботами обмежувалася діяльність настоятеля. Головним для нього було батьківсько суворе піклування про виконання братією чернечих послухів і статуту, при цьому не робилося виключення і для себе.
Вже будучи ігуменом, а пізніше, в 1885 році, архімандритом, преподобний не здійснював без благословення старця ніяких монастирських справ і вчив цьому братію. "Батьки і браття! Потрібно ходити до старця для очищення совісті», – часто повторював він. Так, благоговійно, майже до применшення себе, стояв він з усіма в черзі до свого духівника, преподобного старця Амвросія, і розмовляв з ним, стоячи на колінах, як простий послушник.
В останні роки життя настоятеля багато скорботи випали на його долю. Особливо важко пережив він від'їзд старця Амвросія в Шамординську громаду. "Двадцять дев'ять років провів я настоятелем при старці і скорбот не бачив, тепер же, мабуть, завгодно Господу відвідати мене, грішного, скорботами», – говорив він.
Здоров'я його стало помітно слабшати, і він келійно прийняв постриження в схиму. Незабаром відійшов до Господа великий старець преподобний Амвросій, і на настоятеля, преподобного Ісаакія, пішли таємні доноси про нездатність його, по похилих роках і хвороби, управляти обителлю. І хоча братія одностайно встала на захист свого настоятеля, сили його вже згасали. Помирав він тихо, оточений плачуть чадами своїми, яким дав останню повчання: «любіть Бога і ближніх, любіть Церкву Божу, в службі церковної, в молитві шукайте благ не земних, а небесних; тут, в цій святій обителі, де ви поклали початок чернечого життя, і закінчуйте дні свої». Преподобний отець наш Ісаакій спочив про Господа 22 серпня/4 вересня 1894 року.
Це був справжній послідовник тієї традиції старчества, яка відрізняла уклад Оптиної пустелі від інших монастирів Росії, суворого послуху всієї братії старцям-духівникам, незалежно від сану і ієрархічного звання.
Все його життя стало гідним продовженням духовного подвигу, розпочатого ще його попередником, преподобним Мойсеєм, та іншими великими оптинськими старцями.