Преподобний Афанасій Висоцький молодший, другий ігумен Серпуховського Висоцького монастиря, народився в Ярославлі близько 1352 року в благочестивій і знатній родині. У хрещенні він отримав ім'я Амоса. Батько його Іларіон і мати Анна виховували сина, від природи володів «гострим розумом», в строгих правилах благочестя.
2 грудня 1374 преподобний Сергій Радонезький, схиляючись на прохання благочестивого Серпуховського князя Володимира Андрійовича, відвідав Серпухов і, обравши красиве і дуже зручне місце «на високому», заснував тут обитель в ім'я Пресвятої Богородиці, чесного зачаття її праведною Ганною. Ігуменом нової обителі він поставив свого улюбленого учня, преподобного Афанасія старшого. Слава про общежітельной обителі, подвиги і досвідченості її ігумена в духовному керівництві новоначальних швидко поширилася всюди.
Бажаючи "навчитися шляху господнього", юний Амос прийшов до преподобного Афанасія, і той, бачачи його старанність і любов до Бога, прийняв його в обитель. Через п'ять років, бачивши його послух, чистоту і терпіння в подвигу, преподобний Афанасій сподобив його чернечого постригу, назвавши власним своїм ім'ям — Афанасій. У 1381 році, через 3 роки після постриження, при освяченні новозбудованого соборного храму, коли преподобний Афанасій Старший був зведений у ігумена, святитель Московський Кипріян в присутності преподобного Сергія висвятив його у сан ієродиякона, а ще через 2 роки він був посвячений у сан ієромонаха.
Під час подорожі до Києва преподобний Афанасій Старший, бачачи досвідченість преподобного Афанасія, доручив йому управління обителлю, а в 1387 році, разом зі святителем московським Кипріаном назавжди їдучи до Константинополя, поставив його своїм наступником по ігуменству у Висоцькому монастирі. При преподобному Афанасії молодшому Висоцький монастир продовжував процвітати і число братії в ньому множилося. Ігумен Афанасій був для братії прикладом в подвигах доброчесного чернечого життя:»мав стриманість досконале, в пості був міцний, в молитвах не ліностен, в злиднях терплячий". Люблячи Господа Бога, він умів вселяти ту ж любов до Бога і до молитовних подвигів і братії. Умів утримувати їх від гріхів і наставляти, як перемагати потяг пристрастей, направляючи їм серце і помисли до Господа.
Близько 1395 року преподобний Афанасій зустрічав у своїй обителі посольство від преподобного Афанасія старшого, який надіслав з Константинополя сім прекрасних ікон деісусного чину, інші церковні речі і рукописи.
У 1395 році від великих подвигів і праць преподобний Афанасій відчув «старече знемога» і 12 вересня, в день віддання свята Різдва Пресвятої Богородиці, преставився до Господа. Згідно зі своїм заповітом, він був похований проти західних дверей соборного храму під сходами. Його приймачем по управлінню обителлю став преподобний Микита, сродник і учень преподобного Сергія.
З самого моменту поховання преподобний Афанасій був прославлений чудесами. Один з братії, маючи гнів на преподобного, не пішов на його поховання, і за це раптово зазнав нападу нечистого духа. Зі сльозами поспішив він тоді до церкви і перед труною попросив собі прощення у преподобного, після чого звільнився від лукавого духу. Коли опускали в землю тіло преподобного Афанасія, цей чернець впав в могилу і коли був з неї витягнутий, то повідомив братії, що преподобний Афанасій з труни простягнув йому свою руку і сказав: «тобі, брат судилося скоро залишити життя, близька смерть твоя». На третій день після цього чернець помер. Ченці обителі та інші люди в різний час бачили над місцем поховання преподобного палаючі свічки. Вони йшли позаду престолу, по правій стороні, і, досягнувши труни преподобного, ставали невидимими. Не раз братія чула над труною його солодкогласний спів: "Святий Боже...", або бачила преподобного Афанасія, що ходить кругом монастиря з кадильницею і запаленими свічками. Під час навали кримських татар на Серпухов, коли ченці бігли з монастиря, вороги і деякі жителі міста бачили, як з обителі на білому коні виїхав чернець з великим жезлом в руці. Він був смаглявий обличчям і з густою чорною бородою. Об'їхавши стан ворогів, Він із загрозливим виглядом кинувся на них, і вони, негайно знявши облогу міста, почали тікати. Про це начальники міста донесли царю.
Незабаром після смерті сходи над труною преподобного була розібрана і споруджена каплиця. У 1697 році мати Петра I цариця Наталія Кирилівна побудувала над труною преподобного одноглавий кам'яний храм в ім'я преподобного Афанасія Афонського. У 1878 році цей прийшов в ветхість храм був розібраний, і в пам'ять 500-річчя обителі був споруджений красивий і великий храм в ім'я преподобних Сергія Радонезького і Афанасія Афонського. У 1967 році ця церква була «знесена реставраторами як споруда, що не представляє архітектурної та історичної цінності»... Над місцем поховання преподобного була в первісному вигляді відновлена сходи, і могила преподобного знову опинилася під нею. З благословення Високопреосвященнішого Митрополита Крутицького і Коломенського Ювеналія були проведені роботи з визначення місця поховання та відкриття святих останків преподобного Афанасія. 11-24 вересня 1994 відбулося набуття всечесних мощей Угодника Божого, і в самий день кончини преподобного сонмом духовенства на чолі з архієреєм вони з торжеством були перенесені в храм.
Від святих мощей преподобного Афанасія, що покояться в Покровському храмі обителі, вже в наш час продовжують відбуватися знаменні випадки зцілень стражденних.
Справжні Житіє і служба преподобному Афанасію були написані в 1697 році справщиком Московського Патріаршого двору жахливим ієромонахом Каріоном Істоміним.
Преподобний Афанасій здавна шанувався як Чудотворець, наставник ченців і небесний покровитель Висоцької обителі, міста Серпухова і його меж.