Святитель Іоанн Златоуст був похований в Команах. У 438 році Прокл, Патріарх Константинопольський (434-447), здійснюючи богослужіння в храмі святої Софії, виголосив Похвальне слово пам'яті свого великого вчителя, в якому порівнював святителя Іоанна Златоуста зі Святим Іоанном, Предтечею Господнім, що проповідував покаяння і також постраждалим за викриття пороків. Народ, що горів любов'ю до святителя Іоанна Златоуста, не давши Патріарху докінчити свого слова, почав одностайно просити його звернутися до імператора з проханням про перенесення святих мощей святителя з Коман до Константинополя. 
Святитель Прокл відправився до царя Феодосія II (408-450) і від імені Церкви і народу просив його про це. Імператор погодився і відправив в Комани особливих посланців зі срібною ракою, щоб з пошаною перевезти святі мощі. Жителі Коман глибоко сумували про те, що їх позбавляють великого скарбу, але не могли опиратися царському указу. Коли ж імператорські посланці приступили до гробу святителя Іоанна, вони не змогли взяти його мощі. Тоді імператор в каятті написав послання святителю, просячи у нього вибачення за себе і за свою матір Євдоксію. Послання це прочитали біля гробу святителя Іоанна, поклали на нього і зробили всенічне бдіння. Потім приступили до гробниці, легко підняли мощі і внесли на корабель (гробниця святителя Іоанна залишилася в Команах, поблизу Сухумі). Тоді ж відбулося зцілення убогого людини, що приклався до покрову від гробу святого. Після прибуття мощей святителя Іоанна в Константинополь, 27 січня 438 року, все місто на чолі з Патріархом Проклом, імператором Феодосієм, з усім його синклітом і безліччю народу вийшов назустріч. Численні клірики зі свічками, кадилами і хоругвами взяли срібну раку і з піснеспівами внесли її до церкви святої мучениці Ірини. 
Коли патріарх Прокл відкрив труну, тіло святителя Іоанна виявилося нетлінним, від нього виходило пахощі. Припавши до труни, імператор Феодосій II зі сльозами просив святителя пробачити його матір. Народ не відходив від раки весь день і всю ніч. На ранок мощі святого були віднесені до соборної церкви Святих Апостолів. Коли раку була поставлена на патріаршому престолі, весь народ єдиними устами вигукнув: "прийми престол свій, отче!"- і патріарх Прокл з багатьма стояли у раки побачили, як святитель Іоанн відкрив уста свої і вимовив " Мир всім!»
У IX столітті Йосип Піснописець, Косма Веститор та інші написали піснеспіви на честь перенесення мощей святителя Іоанна Златоуста, які і понині співаються Церквою в спогад цієї події.
У 1204 році в ході Четвертого хрестового походу мощі святителя були вивезені з Константинополя до Риму, а 26 листопада 2004 року, за рішенням Папи Івана Павла II, велика частина мощей святителя були повернуті Константинопольської Православної церкви разом з мощами Григорія Богослова і зберігаються в соборі Святого Георгія у Фанарі (Стамбул). У Ватикані були залишені невеликі частинки мощей Святителів.
Як мінімум дві реліквії претендують на те, щоб вважатися головою Іоанна Златоуста, одна зберігається в монастирі Ватопед на горі Афон, інша в Храмі Христа Спасителя в Москві.
Інші частини мощей святителя знаходяться на Афоні в монастирях Філофей, Великій Лаврі, Дохіар, в монастирях Метеори, в церкві Святого Іоанна Златоуста у Венеції.