Святитель Пилип, митрополит Московський, в миру Феодор, походив із знатного боярського роду Количових, які займали чільне місце в Боярській Думі при дворі московських государів. Він народився в 1507 році. Його батько, Степан Іванович, "чоловік освічений і сповнений ратного духу", піклувально готував сина до державного служіння. Благочестива Варвара, мати Феодора, яка закінчила свої дні в чернецтві з ім'ям Варсонофії, сіяла в душі його насіння щирої віри і глибокого благочестя. 
У недільний день, 5 червня 1537 року, в храмі, за Божественною літургією, Феодору особливо запали в душу слова Спасителя: "ніхто не може працювати двом панам" (Мф.6: 24), які вирішили його подальшу долю. Старанно помолившись московським чудотворцям, він, не прощаючись з рідними, таємно, в одязі простолюдина покинув Москву і деякий час ховався від світу в селі хатини поблизу Онезького озера, добуваючи їжу пастушими працями. Жага подвигів привела його в знаменитий Соловецький монастир на Білому морі. Там він виконував найважчі послуху: рубав дрова, копав землю, працював на млині. Після півтора років мистецтва ігумен Алексій, за бажанням Феодора, постриг його, давши в чернецтві ім'я Пилип і вручивши в послух старця іони Шамину, співрозмовнику преподобного Олександра Свірського († 1533; пам'ять 30 Серпня). Під керівництвом досвідчених старців чернець Філіп зростає духовно, посилює піст і молитву. 
У 1546 році в Новгороді Великому архієпископ Феодосій присвятив Філіпа під ігумена Соловецької обителі. Новопоставлений ігумен намагався всіма силами підняти духовне значення обителі та її засновників – преподобних Саватія і Зосими Соловецьких (пам'ять 27 Вересня, 17 квітня). Він розшукав образ Божої Матері Одигітрії, принесений на острів первісним Соловецьким, преподобним Саватієм, знайшов кам'яний хрест, що стояв колись перед келією преподобного. Були знайдені Псалтир, що належала преподобному Зосимі (†1478), першому ігумену Соловецькому, і ризи його, в які з тих пір одягалися ігумени при службі в дні пам'яті Чудотворця. Обитель духовно відроджувалася. Для впорядкування життя в монастирі був прийнятий новий статут. 
Але Господь готував святого угодника для іншого служіння і іншого подвигу. У Москві про Соловецького відлюдника згадав любив його колись у підліткові роки Іоанн Грозний. ЦАР сподівався, що знайде в святителя Пилипа вірного сподвижника, духівника і радника, який по висоті чернечого життя нічого спільного не матиме з бунтівним боярством. Святість митрополита, на думку Грозного, повинна була одним лагідним духовним віянням приборкати нечестя і злість, що гніздилася в Боярській Думі. Вибір первосвятителя Російської Церкви здавався йому найкращим.
Святитель довго відмовлявся покласти на себе великий тягар предстоятеля Руської Церкви. Духовної близькості з Іоанном він не відчував. Він намагався переконати царя знищити опричнину, Грозний же намагався довести йому її державну необхідність. Нарешті, грізний цар і Святий митрополит прийшли до вмовляння, щоб святому Пилипу не втручатися в справи опричнини і державного управління, не йти з митрополії у випадках, якщо цар не зможе виконати його побажань, бути опорою і радником царя, як були опорою московських государів колишні митрополити. 25 липня 1566 відбулося посвячення святого Пилипа на кафедру московських Святителів, до сонму яких належало йому незабаром приєднатися.
Кожен крок державного служіння, всі круті заходи, вжиті ним для докорінної перебудови всієї російської державної і суспільного життя, Іоанн Грозний прагнув осмислити як прояв Промислу Божого, як дію Боже в історії. Його улюбленими духовними зразками були Святий Михайло Чернігівський (пам'ять 20 вересня) і Святий Феодор Чорний (пам'ять 19 Вересня), воїни і діячі складної суперечливої долі, мужньо йшли до святої мети, крізь будь-які перешкоди, що вставали перед ними у виконанні обов'язку перед Батьківщиною і перед Святою Церквою. Чим сильніше згущувалася темрява навколо Грозного, тим рішучіше вимагала його душа духовного очищення і спокути. Приїхавши на прощу в Кирилів Білозерський монастир, він сповістив ігумену і Соборним старцям про бажання постригтися в ченці. Гордий самодержець упав в ноги настоятелю, і той благословив його намір. З тих пір все життя, писав Грозний, "думається мені, окаянному, що наполовину я вже чернець". Сама опричнина була задумана Грозним за образом чернечого братства: послуживши Богу зброєю і ратними подвигами, опричники повинні були одягатися в чернечі одягу і йти до церковної служби, довгої і статутний, що тривала від 4 до 10 годин ранку. На" братію", що не з'явилася до молебню о четвертій годині ранку, ЦАР-ігумен накладав покуту. Сам Іоанн з синами намагався старанно молитися і співав у церковному хорі. З церкви йшли в трапезну, і поки опричники їли, ЦАР стояв біля них. Решта страви опричники збирали зі столу і роздавали жебракам при виході з трапезної. Сльозами покаяння Грозний, бажаючи бути шанувальником святих подвижників, вчителів покаяння, хотів змити і випалити гріхи свої і своїх соратників, живлячи впевненість, що і страшні жорстокі діяння вершаться їм на благо Росії і торжества православ'я. Найбільш яскраво духовне діяння і Чернече тверезіння Грозного розкривається в його" Синодике": незадовго до смерті за його велінням були складені повні списки убієнних їм і його опричниками людей, які були потім розіслані по всіх російських монастирях. Весь гріх перед народом Іоанн брав на себе і благав святих ченців молити Бога про прощення його страждав душі.
Самозване чернецтво Грозного, похмурим ярмом тяжіло над Росією, обурювало святителя Пилипа, який вважав, що не можна змішувати земного і небесного, служіння Хреста і служіння меча. Тим більше, що Святий Пилип бачив, як багато нерозкаяної злоби і ненависті ховається під чорними шликами опричників. Були серед них і просто вбивці, зачерствілі в безкарному кровопролитті, і хабарі-грабіжники, закоренілі в гріху і злочині. Попущенням Божим історія часто робиться руками нечестивців, і як би не бажав Грозний обілити перед Богом своє чорне братство, кров, пролита його ім'ям насильниками і нелюдами, волала до неба.
Святитель Пилип зважився протистояти Грозному. Це було пов'язано з новою хвилею страт у 1567-1568 роках. Восени 1567 року, ледь ЦАР виступив у похід на Лівонію, як йому стало відомо про боярську змову. Зрадники мали намір захопити царя і видати польському королю, що вже рушив війська до російського кордону. Іоанн Грозний суворо розправився з змовниками і знову пролив багато крові. Сумно було святому Пилипу, але свідомість святительського обов'язку примушувало його сміливо виступити на захист страчених. Остаточний розрив настав навесні 1568 року. У тиждень Хрестопоклонну, 2 березня 1568 року, коли цар з опричниками прийшов в Успенський собор, як зазвичай, в чернечих облаченнях, святитель Пилип відмовився благословити його, але став відкрито засуджувати беззаконня, що творяться опричниками: "учав митрополит Пилип з государем на Москві ворогувати про опричнина". Викриття владики перервало благоліпність церковної служби. Грозний в гніві сказав: "Чи нам противишся? Побачимо твердість твою! - Я був занадто м'який з вами", – додав ЦАР, за свідченням очевидців.
Цар став проявляти ще більшу жорстокість в переслідуванні всіх противилися йому. Страти слідували одна за одною. Доля святителя-Сповідника була вирішена. Але Грозний хотів дотримати канонічний порядок. Боярська дума слухняно винесла рішення про суд над главою Російської Церкви. Над митрополитом Філіпом був влаштований Соборний суд у присутності поріділої Боярської думи. Знайшлися лжесвідки: до глибокої скорботи святителя, це були ченці з коханої їм Соловецької обителі, його колишні учні і постриженики. Святого Пилипа звинувачували в безлічі уявних злочинів, до чаклунства включно
Відкинувши всі звинувачення, Святий страждалець намагався припинити суд, оголосивши про добровільне складання митрополичого сану. Але зречення його не було прийнято. Мученика чекало нове наругу. Вже після винесення вироку про довічне ув'язнення в темниці святого Пилипа змусили служити літургію в Успенському соборі. Це було 8 листопада 1568 року. В середині служби в храм увірвалися опричники, всенародно зачитали Соборне засудження, порочившее святителя, зірвали з нього архієрейське облачення, одягли в лахміття, виштовхали з храму і на простих дровнях відвезли в Богоявленський монастир. Мученика довго мучили в підвалах московських монастирів, ноги старця забивали в колодки, тримали його в кайданах, накидали на шию важкий ланцюг. Нарешті, відвезли в ув'язнення в Тверській Отрочь монастир. Там рік по тому, 23 грудня 1569 року, святитель прийняв мученицьку кончину від руки Малюти Скуратова. Ще за три дні святий старець передбачав закінчення свого земного подвигу і причастився Святих Тайн. Мощі його були віддані землі спочатку там же, в монастирі, за вівтарем храму. Пізніше відбулося перенесення їх в Соловецьку обитель (11 серпня 1591) і звідти – в Москву (3 липня 1652).
Пам'ять святителя Пилипа святкувалася Російською Церквою з 1591 року в день його мученицької кончини – 23 грудня. З 1660 року святкування було перенесено на 9 січня.