Святитель Нифонт Новгородский родился в конце XI века в Киеве, при крещении ему дали имя Никита. В 7 лет родители отдали отрока обучаться грамоте, он удивлял всех быстрыми успехами и постоянным обращением к небу, постоянным постом и воздержанием. После смерти родителей Никита, единственный наследник, раздал все свое имущество и пришел в Печерскую обитель. Так в юности он был пострижен в инока в Киево-Печерской лавре, игуменом которой в то время был старец Тимофей. Больше сведений о его детстве и юности не сохранилось.

В 1130 году епископ Новгородский Иоанн удалился с кафедры на безмолвие в монастырь, а на Софийский престол по единодушному решению новгородцев избрали блаженного Нифонта. Епископская хиротония его состоялась в Киеве.

В Новгороде в те времена было неспокойно. За 26 лет служения Нифонта в городе 10 раз сменились князья, а в 1134 году горожане подняли мятеж после не очень успешного военного похода князя Всеволода. Чтобы вразумить народ, митрополит Киевский Михаил II наложил церковное запрещение на весь город. Тогда святитель Нифонт направил в Киев игумена Исаию с челобитьем митрополиту. Он смиренно просил даровать прощение и благословение преступному Новгороду. Михаил очень уважал Нифонта и после прошения сам прибыл в Новгород лично вразумлять строптивый народ.

Святитель Нифонт многое сделал для прекращения междоусобиц и установления мира между русскими княжествами. Этому способствовали его мудрые послания к соперничавшим князьям. В 1135 году Нифонту удалось предотвратить очень крупное кровопролитное столкновение между Киевом, Черниговом и Новгородом. Он был очень опечален разладом на Руси и вестями о том, что таким положением дел решили воспользоваться половцы, собрал мужей новгородских и в их сопровождении ходил по городам, уговаривал князей помириться. Киевлян и черниговцев он застал уже на ратном поле в ожидании битвы. Но появление Нифонта перед войсками смутило враждующих, а святитель убедил князей заключить мир.

Святитель настаивал на соблюдении церковных правил державными князьями. Он был честен и строг. В 1136 году править в Новгороде стал черниговский князь Святослав Олегович. Святитель Нифонт не благословил его на брак с близкой родственницей. В конце концов Святослава обвенчал в своей домовой церкви черниговский священник.

Новгородский епископ открыто выступил против великого князя Изяслава II, когда тот в 1147 году, узнав о смерти Михаила II, созвал церковный Собор, решив самостоятельно, без совета с Константинопольским Патриархатом, поставить нового киевского митрополита – русского инока-затворника Клима Смолятича. Это был известный подвижник и богослов. Князь решил не обращаться за благословением к Константинопольскому патриарху, а посвятить Клима главою святителя Климента, папы Римского, мощи которого были получены в дар из Херсонеса.

Новгородцы очень любили своего пастыря, для них он был строгим и справедливым исповедником истины. Принципиальность Нифонта оценил патриарх Николай IV Музалон, он послал ему похвальную грамоту, в которой сравнил святителя с первыми святыми отцами, пострадавшими за Православие. Нифонт стал архиепископом.

Святитель Нифонт часто посещал обитель своего духовного друга – преподобного Антония Римлянина, который в 1131 году рукоположил его в священники и назначил игуменом над братией. В 1147 году преподобный отошел ко Господу, погребение честного тела угодника Божия совершил сам святитель Нифонт. Он упокоил Антония в церкви Рождества Пресвятой Богородицы.

В апреле 1156 года святитель отправился встречать в Киев приехавшего из Царьграда законного митрополита Константина, остановился в Киево-Печерском монастыре – в месте своего пострижения, там и преставился. Перед кончиной он увидел во сне преподобного Феодосия, который сказал ему: «В добрый час пришел ты к нам, брат и сын мой Нифонт, отныне ты будешь с нами неразлучен». В руках преподобный держал свиток со словами: «Се Аз и дети, яже Ми дал есть Бог». Святитель отошел ко Господу в субботу на Светлой седмице. Он завещал положить его в Феодосиевой пещере, но позже его святые мощи перенесли в Ближние Антониевы пещеры.

Святитель Нифонт описал жития нескольких Киево-Печерских угодников. Историки утверждают, что он продолжил Несторову летопись с 1116 года, после Сильвестра.

Святитель Нифонт многое сделал для умножения славы Божией – строил и украшал церкви Новгорода, некоторые из них существуют до сих пор.

Сведения о почитании Нифонта как святого встречаются впервые в середине XV века. А общецерковное прославление его прошло в 1549 году на втором Макарьевском Соборе. «Слово о Нифонте Новгородском» в 1462 году написал насельник Киево-Печерской лавры инок Кассиан.