О житии преподобного Нила до нас дошли весьма немногочисленные сведения. Он родился в 1433 году в царствующем граде Москве и происходил из дворянского рода Майковых. В юных годах отказался от женитьбы и большую часть своей жизни (около пятидесяти лет) провел в монашестве. Начало иноческой жизни преподобный положил в Кирило-Белозерской обители, где пользовался руководством мудрого и строгого старца Паисия Ярославова, впоследствии игумена Троице-Сергиева монастыря. Спустя несколько времени он вместе с учеником своим и сотрудником монахом Иннокентием отправился в паломничество по святым местам восточным. Несколько лет провел он на Афонской горе и в монастырях константинопольских, изучая все виды монашеского подвижничества, в особенности — скитский образ жизни, который до той поры не практиковался на Руси.

Очень тщательно прп. Нил исследовал и опытом проходил наставления богомудрых древних отцов Церкви: Антония Великого, Ефрема Сирина, Исаака Сирина, Варсонофия, Иоанна Лествичника, Максима Исповедника, Исихия, Петра Дамаскина и прочих. И, возлюбив скитский образ жизни, преподобный задумался над тем, чтобы по прибытии на родину ввести и здесь этот новый, по образу восточных подвижников, уставной порядок. До него на Руси было два вида иночества: общежительный и отшельнический. Нил положил начало третьему — среднему пути подвижничества: иноки селились один от другого на таком расстоянии, чтобы можно было только слышать голос друг друга, а подвизались каждый особо, в уединении.

В глухих лесах Вологодской области, на берегу безвестной реки Сорки, преподобный старец водрузил крест, поставил сперва часовню и уединенную келию и при ней ископал кладезь, а когда собралось к нему для сожития несколько братии, то возвел деревянную церковь во имя Сретения Господня. Келии были построены на возвышении: каждая одна от другой и от храма отстояли на расстоянии брошенного камня. Скитники, по примеру восточных иноков, собирались в храм для общей молитвы только по субботам, воскресеньям и праздникам, в прочие дни каждый молился и трудился в своей келии. Так появился первый русский скит с новым в то время уставом, заимствованным преподобным Нилом на Афоне.

Умирая, преподобный Нил, ввиду крайнего смирения своего, оставил следующее завещание:

Во имя Отца, и Сына, и Святаго Духа. Завещаю яже о себе, моим присным господам и братиям, яже суть моего нрава. Молю вас, повергните мое тело в пустыни, да изъядят е звери и птицы: понеже согрешило есть Богу много и недостойно есть погребения. Аще ли сице не сотворите, то, ископавши ров на месте, идеже живем, со всяким безчестием погребите мя. Бойтеся же слова, еже Великий Арсений завеща учеником своим, глаголя: на суде стану с вами, аще кому дадите тело мое. Тщание бо и мне было то, елико по силе моей, да не сподоблен буду чести и славы века сего некоторыя, якоже в житии сем, тако и по смерти моей. Молю же всех, да помолятся о души моей грешней, и прощения прошу от всех и от мене прощение да будет, Бог да простит всех нас.

Великий старец отошел ко Господу 7 мая 1508 года, в третью неделю по Пасхе — святых жен-мироносиц, будучи 75 лет от рождения. Мощи его, погребенные в основанной им обители, прославились множеством чудотворений.