Преподобный Феодор Санаксарский (в миру дворянин Иван Игнатьевич Ушаков) родился в 1718 (по ряду источников — 1719) году в Ярославской губернии. В юности он был определён на воинскую службу в гвардейский Преображенский полк в Санкт-Петербурге и вскоре произведён в сержанты. Перелом в его жизни произошёл внезапно: во время шумного собрания гвардейцев один из молодых людей неожиданно упал замертво. Вид смерти товарища «без покаяния» заставил Ивана глубоко осознать непрочность мирского благополучия. В двадцать лет он оставил столичную жизнь и избрал путь отшельника.

Более трёх лет будущий подвижник подвизался в уединении в северных лесах на берегах Двины, затем — в Площанской пустыни Орловской губернии. Поскольку он жил без документов, был задержан сыскной командой и доставлен в Санкт-Петербург. Шесть лет лишений изменили его до неузнаваемости: он был измождён, одет во власяницу, но особенно поражал окружающих глубиной смирения. Императрица Елизавета Петровна, узнав обстоятельства, не вменила ему «побег» в проступок и готова была вернуть прежний чин, однако Иоанн просил лишь одного — «дать умереть монахом». После трёхлетнего послушнического искуса в Александро-Невской лавре 13 августа 1748 года он был пострижен в монахи с именем Феодор.

Преподобный стремился к Саровской обители и в 1757 году выехал из Петербурга, вместе с учениками и ученицами. Учениц он устроил в Арзамасском Никольском девичьем монастыре, а затем они были переведены в Алексеевскую общину, где жили в строгом следовании уставу, данному старцем. Сам отец Феодор с учениками подвизался в Саровской пустыни.

Спустя два года старец возымел намерение возобновить пришедшую в упадок Санаксарскую обитель близ Темникова на реке Мокше. К его прибытию монастырь был крайне обедневшим: храм ветх, келлии и ограда почти разрушены. С помощью благотворителей и при поддержке епархиального начальства началось возрождение обители. Епископ Тамбовский Пахомий настойчиво просил преподобного принять священство и стать настоятелем; по смирению он долго отказывался, но 13 декабря 1762 года был рукоположён в иеромонаха.

Настоятельство преподобного отличалось строгостью и внутренней собранностью. На богослужения в сутки посвящалось около девяти часов, а в праздничные и воскресные дни — десять и более; всенощные бдения могли длиться до двенадцати часов. Старец требовал раздельного, внятного чтения, заботясь, чтобы смысл богослужения был понятен молящимся. Важнейшим основанием монастырской жизни он считал личное духовное руководство и «полное откровение помыслов»: каждый брат мог прийти к настоятелю и днём, и ночью, и после беседы уходил с ощущением «свободы и тишины» на душе. Пища в обители была простой и грубой, послушания несли все, включая настоятеля; избегая тщеславия, он не выделял себя ни особой строгостью, ни особыми условиями.

С возрождением Санаксара связано предание: при закладке каменного храма во время молебна прилетел рой пчёл и сел на месте будущего алтаря, что восприняли как знак благодати и умножения братии; с тех пор в монастыре завели пасеку.

Однако преподобного ожидало и тяжёлое испытание. В 1774 году по ложному доносу темниковского воеводы Неелова он был сослан в Соловецкий монастырь. По пути на допросы отец Феодор заезжал в Задонский монастырь к святителю Тихону, который принял старца с большой любовью; несколько дней продолжалась их духовная беседа, а при прощании святитель проводил преподобного до врат, низко кланяясь. На Соловках отец Феодор провёл девять лет в строгом заключении, терпя нужду, холод и болезни, но ученики и сестры основанной им общины не оставляли наставника, помогали ему и испрашивали молитв.

По ходатайству митрополита Санкт-Петербургского Гавриила и по повелению Екатерины II старец получил свободу и вернулся в Санаксар, где продолжал трудиться ради братии и приходящих. После непродолжительной болезни преподобный Феодор скончался в ночь на 19 февраля 1791 года. Сохранилось свидетельство, что тело его до погребения не издавало запаха тления. Погребён он у созданного им храма; на могиле была положена плита с надписью о его жизни и трудах как возобновителя монастыря.

Племянник преподобного — знаменитый флотоводец адмирал Фёдор Ушаков — в конце жизни также поселился близ Санаксарской обители, скончался в 1817 году и был похоронен рядом с дядей. Русская Православная Церковь чтит их обоих в лике святых.

Память преподобного Феодора Санаксарского совершается в день его кончины — 19 февраля (4 марта по новому стилю; в високосный год — 3 марта), а также в день обретения его многоцелебных мощей — 21 апреля (4 мая по новому стилю). Ныне мощи преподобного пребывают в соборной Иоанно-Предтеченской церкви Санаксарского монастыря.