Γεννήθηκε στο χωριό Pekhorka κοντά στη Μόσχα και φιλοδοξούσε τον μοναχισμό από νεαρή ηλικία. Με τη θέληση των γονιών του, παντρεύτηκε, δέχτηκε την ιεροσύνη, αλλά ένα χρόνο αργότερα χήρεψε και πήρε όρκους στη Μονή Κοιμήσεως του Ντουμπένσκ. Για την ενάρετη ζωή του, εξελέγη Ηγούμενος του μοναστηριού και εργάστηκε τόσο σκληρά γι ' αυτό που αργότερα έγινε γνωστό με το όνομά του – την έρημο Σεραπίων.
Επιθυμώντας να επιδοθεί σε πιο αυστηρές εκμεταλλεύσεις, ο Άγιος παραιτείται από την αβαεία του και πηγαίνει στην Τριάδα-Σεργίου Λαύρα, στην οποία έγινε ηγούμενος το 1495. Ο άγιος ήταν ιδιαίτερα σεβαστός από τον Μεγάλο Δούκα Ιωάννη Βασίλιεβιτς και είναι γνωστό ότι κατόπιν αιτήματός του χάρισε τρία αγόρια που καταδικάστηκαν σε θάνατο.
Όντας παρών στο Συμβούλιο (1504), ο Άγιος υπερασπίστηκε ένθερμα εκκλησιαστικά και μοναστηριακά κτήματα ως μέσο φιλανθρωπίας.
Το 1506 χειροτονήθηκε Αρχιεπίσκοπος του Νοβγκόροντ. Κατά τη διάρκεια της μεγάλης πυρκαγιάς στο Νόβγκοροντ, το 1508, ο άγιος, με τις δακρυσμένες προσευχές του, παρακάλεσε τον Κύριο να το σταματήσει.
Ο Άγιος Σεράπιον υπέστη πολλά προβλήματα: το 1509 στερήθηκε τον άμβωνα και εξορίστηκε στη Μονή Ανδρόνικ της Μόσχας. Το 1511, ο Άγιος Σεραπίων μετακόμισε στην Τριάδα-Σεργίου Λαύρα, όπου πέρασε τα τελευταία χρόνια της ζωής του σε ένα αδιάκοπο κατόρθωμα θεϊκής σκέψης και προσευχής, έχοντας λάβει το δώρο της προνοητικότητας και της θαυματουργίας από τον Κύριο.
Έχοντας αποδεχτεί το σχήμα, ο Άγιος πέθανε ειρηνικά στις 16 Μαρτίου 1516. τα άφθαρτα λείψανά του βρέθηκαν στις 7 Απριλίου 1517 και εξακολουθούν να αναπαύονται κάτω από ένα μπούσελ στην αίθουσα Σεραπίων στον Καθεδρικό Ναό της Τριάδας στην Λαύρα Τριάδας-Σεργίου.
Ο Κύριος δόξασε τον άγιο του με το δώρο της θαυματουργίας τόσο κατά τη διάρκεια της ζωής όσο και μετά το θάνατο: μια φορά στη γιορτή της Κοίμησης της Θεοτόκου, ο Άγιος θεράπευσε έναν κουτσό που σέρνεται στα πόδια και τα χέρια του για πολλά χρόνια, στηριζόμενος σε κομμάτια ξύλου.
Το 1608, κατά την πολιορκία της Λαύρας από τους Πολωνούς, πολλοί μοναχοί και λαϊκοί τον είδαν με ιερά άμφια, που ήρθαν στο ναό για να προσευχηθούν για το μοναστήρι του.