Ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος θάφτηκε στην Κομανία. Το 438, ο Πρόκλος, Πατριάρχης της Κωνσταντινούπολης (434-447), ενώ γιόρταζε τις θείες υπηρεσίες στην Εκκλησία της Αγίας Σοφίας, εκφώνησε έναν εγκώμιο στη μνήμη του μεγάλου δασκάλου του, στον οποίο συνέκρινε τον Άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο με τον Άγιο Ιωάννη, τον πρόδρομο του Κυρίου, ο οποίος κήρυξε μετάνοια και υπέφερε επίσης για την αποκάλυψη κακών. Ο λαός, καίγοντας με αγάπη για τον Άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο, δεν επέτρεψε στον Πατριάρχη να τελειώσει τον Λόγο του, αλλά άρχισε να του ζητά ομόφωνα να απευθυνθεί στον αυτοκράτορα με αίτημα για τη μεταφορά των ιερών λειψάνων του Αγίου από τον Κομάν στην Κωνσταντινούπολη. 
Ο Άγιος Πρόκλος πήγε στον Τσάρο Θεοδόσιο Β '(408-450) και, εκ μέρους της Εκκλησίας και του λαού, τον ρώτησε γι ' αυτό. Ο αυτοκράτορας συμφώνησε και έστειλε ειδικούς απεσταλμένους με ένα ασημένιο ιερό στο Κομάνι για να μεταφέρουν με τιμή τα ιερά λείψανα. Οι κάτοικοι του Κομάν θρηνούσαν βαθιά που στερούνταν τον μεγάλο θησαυρό, αλλά δεν μπορούσαν να αντισταθούν στο βασιλικό διάταγμα. Όταν οι αυτοκρατορικοί απεσταλμένοι πήγαν στον τάφο του Αγίου Ιωάννη, δεν μπορούσαν να πάρουν τα λείψανα του. Τότε ο αυτοκράτορας, σε μετάνοια, έγραψε μια επιστολή στον Άγιο, ζητώντας του συγχώρεση για τον εαυτό του και για τη μητέρα του Ευδοξία. Αυτή η επιστολή διαβάστηκε στον τάφο του Αγίου Ιωάννη, τοποθετήθηκε πάνω της και γιορτάστηκε μια ολονύχτια αγρυπνία. Στη συνέχεια πήγαν στον τάφο, σήκωσαν εύκολα τα λείψανα και τα μετέφεραν στο πλοίο (ο τάφος του Αγίου Ιωάννη παρέμεινε στο Κομάνι, κοντά στο Σουχούμι). Ταυτόχρονα, έλαβε χώρα η θεραπεία ενός φτωχού που είχε σεβαστεί το πέπλο του Παναγίου Τάφου. Με την άφιξη των λειψάνων του Αγίου Ιωάννη στην Κωνσταντινούπολη, στις 27 Ιανουαρίου 438, ολόκληρη η πόλη, με επικεφαλής τον Πατριάρχη Πρόκλο, τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο, με όλο τον συνκλίτη του και πολλούς ανθρώπους βγήκε να τον συναντήσει. Πολλοί Κληρικοί με κεριά, θυμιατήρια και πανό πήραν το ασημένιο ιερό και το έφεραν στην εκκλησία του αγίου μάρτυρα Ιρίνα με ψαλμούς. 
Όταν ο Πατριάρχης Πρόκλος άνοιξε το φέρετρο, το σώμα του Αγίου Ιωάννη αποδείχθηκε άφθαρτο και ένα άρωμα προήλθε από αυτό. Υποκλίνοντας τον εαυτό του στον τάφο, ο αυτοκράτορας Θεοδόσιος Β ' ζήτησε δάκρυα από τον άγιο να συγχωρήσει τη μητέρα του. Οι άνθρωποι δεν έφυγαν από το ιερό όλη μέρα και όλη τη νύχτα. Το επόμενο πρωί, τα λείψανα του αγίου μεταφέρθηκαν στον Καθεδρικό Ναό των Αγίων Αποστόλων. Όταν ο καρκίνος τοποθετήθηκε στον πατριαρχικό θρόνο, όλοι οι άνθρωποι με ένα στόμα αναφώνησαν: "δέξου τον Θρόνο Σου, πατέρα!"και ο Πατριάρχης Πρόκλος και πολλοί που στέκονταν δίπλα στο ιερό είδαν τον Άγιο Ιωάννη να ανοίγει το στόμα του και να λέει, "ειρήνη σε όλους σας!»
Τον 9ο αιώνα, ο Ιωσήφ ο υμνογράφος, Ο Κοσμάς ο Βεστιατόρος και άλλοι έγραψαν ύμνους προς τιμήν της μεταφοράς των λειψάνων του Αγίου Ιωάννη του Χρυσόστομου, τα οποία εξακολουθούν να τραγουδούν από την εκκλησία στη μνήμη αυτού του γεγονότος.
Το 1204, κατά τη διάρκεια της Τέταρτης Σταυροφορίας, τα λείψανα του αγίου μεταφέρθηκαν από την Κωνσταντινούπολη στη Ρώμη και στις 26 Νοεμβρίου 2004, με απόφαση του Πάπα Ιωάννη Παύλου Β', τα περισσότερα από τα λείψανα του Αγίου επιστράφηκαν στην Ορθόδοξη Εκκλησία της Κωνσταντινούπολης, μαζί με αυτά του Γρηγορίου του Θεολόγου, και φυλάσσονται στον Καθεδρικό Ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι (Κωνσταντινούπολη). Μικρά θραύσματα των λειψάνων των Αγίων έμειναν στο Βατικανό.
Τουλάχιστον δύο λείψανα ισχυρίζονται ότι είναι το κεφάλι του Ιωάννη του Χρυσόστομου, το ένα φυλάσσεται στο μοναστήρι του Βατοπαιδίου στο Άγιο Όρος, το άλλο στον καθεδρικό ναό του Χριστού Σωτήρος στη Μόσχα.
Άλλα μέρη των λειψάνων του Αγίου βρίσκονται στο Άγιο Όρος στις μονές Φιλοθέου, στη μεγάλη Λαύρα, στο Δοχιάρ, στις μονές των Μετεώρων, στην εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Χρυσόστομου στη Βενετία.